In een niet al te verre toekomst wordt de vrede verstoord wanneer een mysterieus leger, geleid door iemand die op Proto Man lijkt, chaos veroorzaakt over de hele wereld. Plotseling wordt Dr. Light ontvoerd, met alleen een briefje en een gele sjaal als aanwijzingen achtergelaten. Mega Man is verbaasd door de acties van zijn "broer" maar weet dat hij snel moet handelen om Dr. Light te redden en orde te herstellen. Gewapend met een verbeterde Mega Buster, dankzij de briljante Dr. Cossack, is Mega Man klaar voor actie. Dr. Cossack verbetert niet alleen de uitrusting van Mega Man, maar introduceert hem ook aan een nieuwe gevederde vriend genaamd "Beat" om te helpen bij deze gedurfde missie. Met Dr. Cossack als zijn gids begint Mega Man aan een epische queeste om de waarheid te ontrafelen en de dag te redden!