Într -un viitor nu prea departe, pacea este spulberată atunci când o armată misterioasă condusă de cineva asemănător cu proto -om provoacă haos pe tot globul. Dintr -o dată, Dr. Light este răpit, lăsând în urmă doar o notă și o eșarfă galbenă ca indicii. Mega Man este nedumerit de acțiunile „fratelui” său, dar știe că trebuie să acționeze rapid pentru a -l salva pe Dr. Light și pentru a restabili ordinea. Înarmat cu un mega buster modernizat, datorită genialului Dr. Cossack, Mega Man este gata pentru acțiune. Dr. Cossack nu numai că îmbunătățește echipamentul lui Mega Man, dar îl prezintă și unui nou prieten cu pene, numit „Beat” pentru a ajuta la această misiune îndrăzneață. Cu Dr. Cossack ca ghid, Mega Man se îmbarcă într -o încercare epică de a descoperi adevărul și de a salva ziua!