В един бъдещ не твърде далечен, мира е нарушен, когато мистериозна армия, водена от някой, приличащ на Прото Мен, предизвиква хаос по целия свят. Внезапно д-р Лайт е отвлечен, оставяйки само бележка и жълта шал като показатели. Мега Мен е объркан от действията на "брат" си, но знае, че трябва бързо да действа, за да спаси д-р Лайт и да възстанови реда. Въоръжен със здравен усъвършенстван Мега Бъстър, благодарение на гения д-р Косак, Мега Мен е готов за действие. Д-р Косак не само подобрява снаряжението на Мега Мен, но и го запознава с нов приятел на име "Бийт", който ще помогне в тази дързостна мисия. С д-р Косак като свой наставник, Мега Мен се отправя на епично пътешествие, за да разкрие истината и да спаси деня!