Çok uzak olmayan bir gelecekte, Proto Man'a benzeyen birinin liderliğindeki gizemli bir ordu dünyanın dört bir yanında kaosa neden olduğunda barış paramparça olur. Aniden, Dr. Light kaçırılır, sadece bir not ve sarı bir eşarp bırakır. Mega Man, "kardeşinin" eylemleriyle şaşkındır, ancak Dr. Light'ı kurtarmak ve düzeni geri kazanmak için hızlı hareket etmesi gerektiğini bilir. Yükseltilmiş bir mega buster ile donanmış, parlak Dr. Cossack sayesinde Mega Man harekete geçmeye hazır. Cossack sadece Mega Man'ın ekipmanını geliştirmekle kalmaz, aynı zamanda onu bu cesur görevde yardımcı olmak için "Beat" adlı yeni bir tüylü arkadaşla da tanıştırır. Rehber olarak Dr. Cossack ile Mega Man, gerçeği ortaya çıkarmak ve günü kurtarmak için destansı bir arayışa girer!