미래에 너무 멀지 않은 곳에, 프로토 맨을 닮은 누군가가 이끄는 신비한 군대가 전 세계에 혼란을 일으킬 때 평화가 산산조각납니다. 갑자기 Dr. Light는 납치되어 단서로 메모와 노란색 스카프 만 남았습니다. Mega Man은 그의 "형제의"행동에 당황하지만 Dr. Light를 구출하고 질서를 복원하기 위해 빠르게 행동해야한다는 것을 알고 있습니다. 화려한 Cossack 박사 덕분에 업그레이드 된 Mega Buster로 무장 한 Mega Man은 행동 할 준비가되었습니다. Cossack 박사는 Mega Man의 장비를 향상시킬뿐만 아니라이 대담한 임무를 도와주기 위해 "Beat"라는 새로운 깃털 친구를 소개합니다. Cossack 박사와 함께 그의 가이드로서 Mega Man은 진실을 밝히고 하루를 구하기 위해 서사적 인 퀘스트를 시작합니다!