I en framtid som inte är så långt borta är freden krossad när en mystisk armé som leds av någon som liknar Proto Man orsakar kaos över hela världen. Plötsligt kidnappas Dr. Light och lämnar bara en anteckning och en gul halsduk som ledtrådar. Mega Man är förbryllad över sin "brors" handlingar men vet att han måste agera snabbt för att rädda Dr. Light och återställa ordningen. Beväpnad med en uppgraderad Mega Buster, tack vare den lysande Dr. Cossack, är Mega Man redo för handling. Dr. Cosack förbättrar inte bara Mega Mans redskap utan introducerar honom också för en ny fjädervän som heter "Beat" för att hjälpa till detta vågade uppdrag. Med Dr. Cossack som sin guide, inleder Mega Man en episk strävan att avslöja sanningen och rädda dagen!