Dans un avenir pas trop lointain, la paix est brisée lorsque une armée mystérieuse dirigée par quelqu'un ressemblant à Proto Man provoque le chaos à travers le monde. Soudain, le Dr. Light est kidnappé, ne laissant derrière lui qu'une note et une écharpe jaune comme indices. Mega Man est perplexe face aux actions de son "frère" mais sait qu'il doit agir rapidement pour sauver le Dr. Light et rétablir l'ordre. Armé d'un Mega Buster amélioré, grâce au brillant Dr. Cossack, Mega Man est prêt pour l'action. Dr. Cossack non seulement améliore l'équipement de Mega Man mais lui présente également un nouvel ami à plumes nommé "Beat" pour l'aider dans cette mission audacieuse. Avec Dr. Cossack comme guide, Mega Man se lance dans une quête épique pour découvrir la vérité et sauver la journée!