In het futuristische jaar 200x lijkt Dr. Wily een nieuw blad te hebben omgedraaid en werkt hij samen met Dr. Light aan het creëren van een vredesrobot genaamd Gamma. Maar de dingen nemen een beurt toen de acht robotmeesters die ze ontwierpen om Peace Go Rogue te beschermen en acht power -kristallen te stelen. Het is aan Mega Man, samen met zijn loyale hondenstoot, om ze te achtervolgen over verschillende mijnplaneten in de ruimte en de kristallen te herstellen.

Proto Man, de eerste creatie van Dr. Light, verschijnt na een jaar in het verstoppen. Bekend als "blues" in Japan, daagt Proto Man Mega Man uit in verschillende duels om hem te helpen zijn vaardigheden te verbeteren. Als Mega Man wint, opent Proto Man de weg vooruit. Vóór de laatste confrontatie met Dr. Wily neemt Proto Man de vermomming van 'Break Man' op zich. Maak je klaar voor een spannende reis vol actie en uitdagingen terwijl je Mega Man helpt de dag te redden!