In een tijd dat de NES begon te vervagen en de Super Nes in de schijnwerpers stond, besloot Capcom zich te concentreren op Mega Man X, waardoor Nintendo Mega Man 6 naar Noord -Amerika kon brengen. Set in het jaar 20xx, begint 's werelds eerste "Robot Masters Tournament" en nodigen de beste ingenieurs uit om hun vaardigheden te presenteren. Ingenieurs, programmeurs en fans van over de hele wereld verzamelen zich voor dit spannende evenement, georganiseerd door de mysterieuze en rijke "Mr. X." Hoewel Dr. Light, een bekende pacifist, ervoor kiest om niet te concurreren, stuurt hij Mega Man om ervoor te zorgen dat het toernooi soepel en veilig verloopt. Met veel krachtige robots in de mix komen er acht als kampioenen tevoorschijn. Word lid van Mega Man op dit spannende avontuur terwijl hij de uitdagingen navigeert en de vrede houdt!