Num futuro não muito distante, a paz é quebrada quando um exército misterioso, liderado por alguém que se parece com o Proto Man, causa caos em todo o mundo. De repente, o Dr. Light é sequestrado, deixando para trás apenas um bilhete e um lenço amarelo como pistas. Mega Man fica confuso com as ações de seu "irmão", mas sabe que precisa agir rápido para resgatar o Dr. Light e restaurar a ordem. Armado com um Mega Buster aprimorado, graças ao brilhante Dr. Cossack, Mega Man está pronto para a ação. O Dr. Cossack não só melhora o equipamento de Mega Man, como também apresenta a ele um novo amigo emplumado chamado "Beat" para ajudar nesta missão ousada. Com o Dr. Cossack como seu guia, Mega Man embarca em uma jornada épica para descobrir a verdade e salvar o dia!