Trong một tương lai không xa, thế giới chìm vào hỗn loạn khi một đội quân bí ẩn dưới sự chỉ huy của kẻ giống Proto Man gây ra bao tang tóc. Đột nhiên, Tiến sĩ Light bị bắt cóc, chỉ để lại một mảnh giấy và chiếc khăn quàng vàng làm manh mối. Mega Man bối rối trước hành động của "người anh em" này, nhưng chàng biết mình phải hành động nhanh chóng để giải cứu Tiến sĩ Light và khôi phục hòa bình. Được trang bị Mega Buster đã nâng cấp nhờ sự giúp đỡ của thiên tài Tiến sĩ Cossack, Mega Man sẵn sàng xuất trận. Không chỉ nâng cấp trang bị, vị tiến sĩ còn giới thiệu cho chàng một người bạn lông vũ mới tên "Beat" để hỗ trợ trong nhiệm vụ đầy thách thức này. Với sự dẫn đường của Tiến sĩ Cossack, Mega Man bước vào cuộc hành trình hùng tráng nhằm phơi bày sự thật và cứu lấy thế giới!