В недалеком будущем мир нарушается, когда загадочная армия, возглавляемая кем-то, напоминающим Прото-Человека, причиняет хаос по всему миру. Внезапно доктор Лайт похищен, оставив лишь записку и желтый шарф в качестве улик. Мега-Мэн озадачен действиями своего "брата", но знает, что ему нужно быстро действовать, чтобы спасти доктора Лайта и восстановить порядок. Вооруженный улучшенным Мега-Бластером, благодаря гениальному доктору Коссаку, Мега-Мэн готов к действию. Доктор Коссак не только улучшает снаряжение Мега-Мэна, но также знакомит его с новым пернатым другом по имени "Бит", чтобы помочь в этой смелой миссии. Под руководством доктора Коссака Мега-Мэн отправляется в эпическое путешествие, чтобы раскрыть правду и спасти день!