In einer nicht zu weit entfernten Zukunft ist der Frieden zerbrochen, wenn eine mysteriöse Armee, die von jemandem angeführt wird, der dem Proto -Mann ähnelt, auf der ganzen Welt Chaos verursacht. Plötzlich wird Dr. Light entführt und hinterlässt nur eine Notiz und einen gelben Schal als Hinweise. Mega Man ist verwirrt über die Handlungen seines "Bruders", weiß aber, dass er schnell handeln muss, um Dr. Light zu retten und Ordnung wiederherzustellen. Mit einem verbesserten Mega Buster, dank des brillanten Dr. Cossack, ist Mega Man bereit für Action. Dr. Cossack verbessert nicht nur die Ausrüstung von Mega Man, sondern stellt ihn auch in einen neuen gefiederten Freund namens "Beat" vor, um bei dieser gewagten Mission zu helfen. Mit Dr. Cossack als Führer beginnt Mega Man auf eine epische Suche, um die Wahrheit aufzudecken und den Tag zu retten!