En un futuro no muy lejano, la paz se ve interrumpida cuando un misterioso ejército liderado por alguien que se asemeja a Proto Man causa caos en todo el mundo. De repente, el Dr. Light es secuestrado, dejando solo una nota y una bufanda amarilla como pistas. Mega Man está desconcertado por las acciones de su "hermano" pero sabe que debe actuar rápidamente para rescatar al Dr. Light y restaurar el orden. Armado con un Mega Buster mejorado, gracias al brillante Dr. Cossack, Mega Man está listo para la acción. El Dr. Cossack no solo mejora el equipo de Mega Man, sino que también lo presenta a un nuevo amigo emplumado llamado "Beat" para ayudar en esta audaz misión. Con el Dr. Cossack como su guía, Mega Man emprende una épica búsqueda para descubrir la verdad y salvar el día.