Di masa depan yang tidak terlalu jauh, perdamaian hancur ketika pasukan misterius yang dipimpin oleh seseorang yang menyerupai pria proto menyebabkan kekacauan di seluruh dunia. Tiba -tiba, Dr. Light diculik, hanya menyisakan catatan dan syal kuning sebagai petunjuk. Mega Man bingung dengan tindakan "saudara lelakinya" tetapi tahu dia harus bertindak cepat untuk menyelamatkan Dr. Light dan memulihkan ketertiban. Berbekal mega Buster yang ditingkatkan, berkat Dr. Cossack, Mega Man yang brilian siap beraksi. Cossack tidak hanya meningkatkan perlengkapan Mega Man tetapi juga memperkenalkannya kepada seorang teman berbulu baru bernama "Beat" untuk membantu dalam misi yang berani ini. Dengan Dr. Cossack sebagai pemandu, Mega Man memulai pencarian epik untuk mengungkap kebenaran dan menyelamatkan hari!