それほど遠くない未来、プロトマンに似た誰かに率いられた謎の軍隊が世界中で混乱を引き起こすと、平和は崩れ去ります。突然、ドクターライトが誘拐され、手がかりとしてノートと黄色いスカーフだけが残されます。メガマンは彼の「兄弟」の行動に戸惑いますが、ドクターライトを救出し秩序を取り戻すために迅速に行動しなければならないと知っています。天才ドクターコザックの手によってアップグレードされたメガバスターを装備し、メガマンは行動準備が整っています。ドクターコザックはメガマンの装備を強化するだけでなく、この大胆なミッションに協力する新しい羽根の友達「ビート」を紹介します。ドクターコザックをガイドに、メガマンは真実を明らかにし、日を救うために壮大なクエストに乗り出します！