در یک آینده نه چندان دور، صلح وحشت زده می‌شود زمانی که ارتشی مرموز تحت فرمان یکی شبیه به پروتو من، هرج و مرجی در سراسر جهان ایجاد می‌کند. ناگهان، دکتر لایت ربوده می‌شود و تنها یک یادداشت و یک شال زرد به عنوان نشانه‌ها پشت سر می‌گذارد. مگا من توسط اقدامات "برادر" خود گیج شده است اما می‌داند که باید به سرعت برای نجات دکتر لایت و بازگرداندن نظم اقدام کند. مسلح با یک مگا بلاستر ارتقا یافته، به لطف دکتر کوساک، مگا من برای اقدام آماده است. دکتر کوساک نه تنها تجهیزات مگا من را بهبود می‌دهد بلکه او را با یک دوست پرپر به نام "بیت" آشنا می‌کند تا در این ماموریت جسورانه کمک کند. با دکتر کوساک به عنوان راهنمای خود، مگا من بر یک ماجراجویی حماسی می‌رود تا حقیقت را کشف کرده و روز را نجات دهد!