En un futuro no muy lejos, la paz se rompe cuando un ejército misterioso liderado por alguien que se asemeja a Proto Man causa caos en todo el mundo. De repente, el Dr. Light es secuestrado, dejando solo una nota y una bufanda amarilla como pistas. Mega Man está perplejo por las acciones de su "hermano", pero sabe que debe actuar rápidamente para rescatar al Dr. Light y restaurar la Orden. Armado con un Mega Buster mejorado, gracias al brillante Dr. Cossack, Mega Man está listo para la acción. El Dr. Cossack no solo mejora el equipo de Mega Man, sino que también le presenta a un nuevo amigo emplumado llamado "Beat" para ayudar en esta atrevida misión. ¡Con el Dr. Cossack como su guía, Mega Man se embarca en una búsqueda épica para descubrir la verdad y salvar el día!