ในอนาคตไม่ไกลเกินไปความสงบสุขจะแตกสลายเมื่อกองทัพลึกลับนำโดยใครบางคนที่คล้ายกับ Proto Man ทำให้เกิดความสับสนวุ่นวายทั่วโลก ทันใดนั้นดร. ไลท์ถูกลักพาตัวทิ้งไว้ข้างหลังเพียงโน้ตและผ้าพันคอสีเหลืองเป็นเบาะแส Mega Man รู้สึกงุนงงกับการกระทำ "พี่ชาย" ของเขา แต่รู้ว่าเขาต้องดำเนินการอย่างรวดเร็วเพื่อช่วยเหลือดร. ไลท์และฟื้นฟูความสงบเรียบร้อย ติดอาวุธด้วย Mega Buster ที่ได้รับการอัพเกรดขอบคุณดร. Cossack ที่ยอดเยี่ยม Mega Man พร้อมสำหรับการดำเนินการ ดร. คอสแซคไม่เพียง แต่ช่วยเพิ่มอุปกรณ์ของ Mega Man เท่านั้น แต่ยังแนะนำให้เขารู้จักกับเพื่อนใหม่ชื่อ "Beat" เพื่อช่วยในภารกิจที่กล้าหาญนี้ ด้วยดร. คอสแซคเป็นไกด์ของเขา Mega Man เริ่มต้นการแสวงหามหากาพย์เพื่อเปิดเผยความจริงและบันทึกวัน!