In het jaar 200x, slechts een jaar na het chaotische gamma -project en de veronderstelde ondergang van Dr. Wily, komt er een nieuwe dreiging naar voren. Dr. Light ontvangt een brief van Dr. Cossack, een mysterieuze wetenschapper uit Rusland, die beweert 's werelds grootste robotingenieur te zijn. Om zijn punt te bewijzen, is Cossack van plan zijn leger van robots te ontketenen als een uitdaging voor Dr. Light. Met vrede opnieuw in gevaar, wordt Mega Man teruggebeld van zijn zoektocht naar de ongrijpbare sluwe om de formidabele robotmeesters van Cossack aan te nemen. Gelukkig is deze keer Mega Man uitgerust met een krachtige upgrade: de Mega Buster, waarmee hij plasma -opnamen kan opladen en verwoesten. Maak je klaar voor een epische confrontatie terwijl Mega Man vecht om de wereld nog een keer te redden!