في العام 200X، بعد عام واحد فقط من مشروع غاما المضطرب والسقوط المفترض للدكتور وايلي، يظهر تهديد جديد. يتلقى الدكتور لايت رسالة من الدكتور كوساك، عالم غامض من روسيا، يدعي أنه أعظم مهندس روبوت في العالم. لإثبات نقطته، يخطط كوساك لإطلاق جيشه من الروبوتات كتحدي للدكتور لايت. مع تهديد السلام مرة أخرى، يتم استدعاء ميغا مان من بحثه عن وايلي العنيد لمواجهة روبوتات كوساك القوية. لحسن الحظ، هذه المرة ميغا مان مجهز بترقية قوية: الميغا باستر، الذي يتيح له شحن طلقات البلازما المدمرة. استعد لمواجهة ملحمية حيث يقاتل ميغا مان لإنقاذ العالم مرة أخرى!