Pada tahun 200x, hanya setahun setelah proyek gamma yang kacau dan Dr. Wily yang seharusnya jatuh, ancaman baru muncul. Dr. Light menerima surat dari Dr. Cossack, seorang ilmuwan misterius dari Rusia, yang mengaku sebagai insinyur robot terhebat di dunia. Untuk membuktikan maksudnya, Cossack berencana untuk melepaskan pasukan robotnya sebagai tantangan bagi Dr. Light. Dengan kedamaian sekali lagi dalam risiko, Mega Man dipanggil kembali dari pencariannya untuk Ihily yang sulit dipahami untuk menghadapi Master Robot Cossack yang tangguh. Untungnya, kali ini Mega Man dilengkapi dengan peningkatan yang kuat: Mega Buster, yang memungkinkannya mengisi daya dan menembakkan tembakan plasma yang menghancurkan. Bersiaplah untuk pertikaian epik saat Mega Man berjuang untuk menyelamatkan dunia sekali lagi!