در سال ۲۰۰X، فقط یک سال پس از پروژه گاما آشفته و فرضی فروپاشی دکتر وایلی، یک تهدید جدید ظاهر می‌شود. دکتر لایت نامه‌ای از دکتر کوساک، یک دانشمند مرموز اهل روسیه، دریافت می‌کند که ادعا می‌کند به بزرگترین مهندس ربات دنیا است. برای اثبات این موضوع، کوساک قصد دارد ارتشی از ربات‌های خود را به عنوان چالشی برای دکتر لایت رها کند. با دوباره به خطر افتادن صلح، مگامن از جستجوی وایلی پنهان برگشته و برای مقابله با مدیران ربات قدرتمند کوساک فراخوانده می‌شود. خوشبختانه، این بوم مگامن این بار با ارتقاء قدرتمندی تجهیز شده است: مگا باستر که به او اجازه می‌دهد تا شارژ کند و شلیک‌های پلاسمای ویرانگری انجام دهد. برای یک مبارزه حماسی آماده شوید زیرا مگامن دوباره برای نجات دنیا می‌جنگد!