År 200x, bara ett år efter det kaotiska Gamma -projektet och Dr. Wilys antagna fall, uppstår ett nytt hot. Dr. Light får ett brev från Dr. Cossack, en mystisk forskare från Ryssland, som påstår sig vara världens största robotingenjör. För att bevisa sin poäng planerar Cosack att släppa sin armé av robotar som en utmaning för Dr. Light. Med fred återigen i riskzonen kallas Mega Man tillbaka från sin sökning efter den svårfångade Wily för att ta på sig Cossacks formidabla robotmästare. Lyckligtvis är den här gången Mega Man utrustad med en kraftfull uppgradering: Mega Buster, som låter honom ladda upp och skjuta förödande plasmabilder. Gör dig redo för en episk showdown när Mega Man kämpar för att rädda världen ännu en gång!