En 200x, un an seulement après le projet chaotique Gamma et la chute supposée du Dr Wily, une nouvelle menace émerge. Le Dr Light reçoit une lettre du Dr Cossack, un mystérieux scientifique de la Russie, qui prétend être le plus grand ingénieur de robots du monde. Pour prouver son point, Cossack prévoit de libérer son armée de robots comme un défi pour le Dr Light. Avec la paix une fois de plus à risque, Mega Man est rappelé de sa recherche de l'insaisissable qui affronterait les formidables maîtres de robot de Cossack. Heureusement, cette fois, Mega Man est équipé d'une mise à niveau puissante: le Mega Buster, qui le permet de charger et de tirer des coups de plasma dévastateurs. Préparez-vous pour une confrontation épique alors que Mega Man se bat pour sauver le monde une fois de plus!