ในปี 200X, เพียงปีเดียวหลังจากโครงการกามมาที่ยุ่งเหยิงและการล่มสลายของดร. ไวลี่ที่ถูกสันนิษฐานว่าล้มละลายไปแล้ว อุปสรรคใหม่เกิดขึ้น ดร. ไลท์ได้รับจดหมายจากดร. คอซแซค, นักวิทยาศาสตร์ประเทศรัสเซียที่ลึกลับ ที่อ้างว่าเป็นวิศวกรหุ่นยนต์ยอดเยี่ยมของโลก ในการพิสูจน์ความเชื่อของเขา คอซแซควางแผนที่จะปล่อยทหารหุ่นยนต์ของเขาเป็นท้าทายต่อดร. ไลท์ กับความสงบอีกครั้งอยู่ในอันตราย Mega Man ถูกเรียกกลับมาจากการค้นหาไวลี่ที่ลักไก่เพื่อเผชิญหน้ากับ Robot Masters ของคอซแซคที่น่าเกรงขาม โชคดีที่คราวนี้ Mega Man ได้รับการอัพเกรดที่มีพลัง: Mega Buster ซึ่งช่วยให้เขาสามารถชาร์จพลังง