No ano 200X, apenas um ano após o caótico Projeto Gamma e a suposta queda do Dr. Wily, uma nova ameaça surge. Dr. Light recebe uma carta do Dr. Cossack, um misterioso cientista russo, que se autoproclama o maior engenheiro de robôs do mundo. Para provar seu ponto, Cossack planeja liberar seu exército de robôs como um desafio ao Dr. Light. Com a paz mais uma vez em risco, Mega Man é chamado de volta de sua busca pelo elusivo Wily para enfrentar os formidáveis Robot Masters de Cossack. Felizmente, desta vez Mega Man está equipado com uma poderosa melhoria: o Mega Buster, que permite carregar e disparar tiros de plasma devastadores. Prepare-se para um confronto épico enquanto Mega Man luta para salvar o mundo mais uma vez!