200X年、混沌としたガンマ計画とワイリー博士の仮倒産からわずか1年後、新たな脅威が現れます。ライト博士は、ロシアの謎の科学者で世界最高のロボットエンジニアであると主張するコサック博士から手紙を受け取ります。彼の主張を証明するため、コサックはライト博士に挑戦として彼のロボット軍団を解放する計画です。再び平和が危機にさらされる中、メガマンは、逃げたワイリーを探す任務から呼び戻され、コサックの強力なロボットマスターたちと戦うことになります。幸いなことに、今回はメガマンが強力なアップグレード、メガバスターを装備しています。これにより、彼は破壊的なプラズマショットを充電して発射することができます。世界を救うために再びメガマンが戦う壮大な対決に備えてください！