Nell'anno 200x, appena un anno dopo il progetto caotico gamma e la presunta caduta del Dr. Wily, emerge una nuova minaccia. Il Dr. Light riceve una lettera del Dr. Cossack, uno scienziato misterioso della Russia, che afferma di essere il più grande ingegnere robotico del mondo. Per dimostrare il suo punto, Cossack prevede di scatenare il suo esercito di robot come sfida al Dr. Light. Con la pace ancora una volta a rischio, Mega Man viene richiamato dalla sua ricerca sull'aspetto sfuggente per affrontare i formidabili robot maestri di Cossack. Fortunatamente, questa volta Mega Man è dotato di un potente aggiornamento: il Mega Buster, che gli consente di caricare e sparare a colpi di plasma devastanti. Preparati per una resa dei conti epici mentre Mega Man combatte per salvare ancora una volta il mondo!