През година 200X, само година след хаотичния Проект Гама и предполагаемият падеж на д-р Уайли, се появява нова заплаха. Д-р Лайт получава писмо от д-р Косак, загадъчен учен от Русия, който твърди, че е най-големият инженер на роботи в света. За да докаже своята точка на зрение, Косак планира да освободи своята армия от роботи като предизвикателство към д-р Лайт. С мира отново под заплаха, Мега Мен е повикан отново от търсенето си на изчезналия Уайли, за да се изправи срещу мощните Робот Майстори на Косак. Късметлия, този път Мега Мен е оборудван с мощен ъпгрейд: Мега Бъстър, който му позволява да зарежда и изстрелва разрушителни плазменни изстрели. Подгответе се за епично сблъсък, докато Мега Мен се бори да спаси света отново!