В 200X году, всего через год после хаотичного Проекта Гамма и предполагаемого падения доктора Уайли, возникает новая угроза. Доктор Лайт получает письмо от доктора Коссака, загадочного ученого из России, который утверждает, что он является лучшим робототехником в мире. Чтобы доказать свою точку зрения, Коссак планирует выпустить свою армию роботов в качестве вызова для доктора Лайта. С миром снова под угрозой, Мега-мен возвращается из своего поиска ускользающего Уайли, чтобы сразиться с мощными роботами-мастерами Коссака. К счастью, на этот раз Мега-мен оснащен мощным улучшением: Мега-бластером, который позволяет ему заряжать и стрелять разрушительными плазменными выстрелами. Приготовьтесь к эпическому противостоянию, когда Мега-мен сражается, чтобы спасти мир еще раз!