Im Jahr 200X, nur ein Jahr nach dem chaotischen Gamma-Projekt und dem vermeintlichen Untergang von Dr. Wily, taucht eine neue Bedrohung auf. Dr. Light erhält einen Brief von Dr. Cossack, einem mysteriösen Wissenschaftler aus Russland, der behauptet, der weltbeste Robotingenieur zu sein. Um seinen Standpunkt zu beweisen, plant Cossack, seine Armee von Robotern als Herausforderung an Dr. Light freizulassen. Mit dem Frieden erneut in Gefahr wird Mega Man von seiner Suche nach dem flüchtigen Wily zurückgerufen, um gegen Cossacks formidable Robot Master anzutreten. Glücklicherweise ist Mega Man dieses Mal mit einem leistungsstarken Upgrade ausgestattet: dem Mega Buster, mit dem er verheerende Plasmaschüsse aufladen und abfeuern kann. Mach dich bereit für ein episches Duell, während Mega Man erneut kämpft, um die Welt zu retten!