Vào năm 200X, một năm sau sự kiện của Dự án Gamma và sự chiếm đoạt của Dr. Wily (và sự "biến mất" của ông ta), Dr. Light nhận được một bức thư từ một nhà khoa học bí ẩn người Nga tên là Dr. Cossack. Ông tuyên bố rằng mình là kỹ sư robot giỏi nhất thế giới và thách thức Dr. Light bằng cách thả một đội quân robot để kiểm tra xem ai mới thực sự là số một. Tất nhiên, Dr. Light không thể để yên chuyện này, và một lần nữa, hòa bình thế giới bị đe dọa. Mega Man, trong hành trình tìm kiếm Dr. Wily, được triệu tập để đối đầu với những Robot Masters của Cossack. Lần này, Dr. Light đã chuẩn bị một nâng cấp đặc biệt cho Mega Man - khẩu Mega Buster mới, cho phép anh tích tụ năng lượng để bắn ra những tia plasma mạnh mẽ. Hãy cùng Mega Man bước vào cuộc phiêu lưu đầy thử thách này nhé!