I en tid då NES började blekna och Super NES tog rampljuset, beslutade Capcom att fokusera på Mega Man X och lämnade Nintendo för att föra Mega Man 6 till Nordamerika. I år 20XX startar världens första "Robot Masters Tournament" och bjuder in de bästa ingenjörerna att visa upp sina färdigheter. Ingenjörer, programmerare och fans från hela världen samlas för detta spännande evenemang, organiserat av den mystiska och rika "Mr. X." Även om Dr. Light, en känd pacifist, väljer att inte tävla, skickar han Mega Man för att säkerställa att turneringen går smidigt och säkert. Med många kraftfulla robotar i mixen dyker åtta som mästare. Gå med Mega Man på detta spännande äventyr när han navigerar i utmaningarna och håller freden!