Under det futuristiska året 200x verkar Dr. Wily ha vänt ett nytt blad och arbetar med Dr. Light för att skapa en fredshållande robot som heter Gamma. Men saker tar en tur när de åtta robotmästarna som de utformade för att skydda freden och stjäla åtta maktkristaller. Det är upp till Mega Man, tillsammans med sin lojala hundrush, att jaga dem över olika gruvplaneter i rymden och återhämta kristallerna.

Tillägg till äventyret, Proto Man, Dr. Lights första skapelse, dyker upp efter ett år i gömningen. Proto Man, som är känd som "Blues" i Japan, utmanar Mega Man i olika dueller för att hjälpa honom att förbättra sina färdigheter. Om Mega Man vinner öppnar Proto Man vägen framåt. Innan den sista showdownen med Dr. Wily tar Proto Man på sig förklädnaden av "Break Man." Gör dig redo för en spännande resa fylld med action och utmaningar när du hjälper Mega Man att rädda dagen!