In een niet al te verre toekomst slaagden Mega Man en zijn vrienden er eindelijk in om de beruchte Dr. Wily te vangen, waardoor er vrede kwam in de wereld. Met Wily achter de tralies hoopte iedereen dat de chaos voorgoed voorbij was. Maar Dr. Wily had een back-up plan! In afwachting van zijn arrestatie bouwde hij in het geheim vier Robot Masters in een verborgen laboratorium. Als ze zes maanden lang niets van hem zouden horen, waren deze robots geprogrammeerd om te activeren en naar hem op zoek te gaan. Trouw aan het plan, worden ze zes maanden later wakker en beginnen ze chaos te veroorzaken in de stad waar Wily gevangen zit, met een spoor van vernieling achter zich latend. Kan Mega Man hen stoppen voordat het te laat is?