I en framtid inte alltför långt borta lyckades Mega Man och hans vänner äntligen fånga den ökände Dr. Wily, vilket skapade fred i världen. Med Wily bakom galler hoppades alla att kaoset var över för gott. Men Dr. Wily hade en backupplan! I förväg byggde han i hemlighet fyra Robot Masters i ett gömt labb. Om de inte hörde från honom inom sex månader var dessa robotar programmerade att aktiveras och söka efter honom. Troget planen vaknar de sex månader senare och börjar skapa kaos i staden där Wily är fängslad, lämnande en spår av förstörelse. Kan Mega Man stoppa dem innan det är för sent?