En un futuro no muy lejano, Mega Man y sus amigos finalmente lograron capturar al notorio Dr. Wily, trayendo paz al mundo. Con Wily tras las rejas, todos esperaban que el caos hubiera terminado para siempre. ¡Pero el Dr. Wily tenía un plan de respaldo! Anticipando su captura, construyó secretamente cuatro Robot Masters en un laboratorio oculto. Si no recibían noticias de él en seis meses, estos robots estaban programados para activarse y buscarlo. Fiel a su plan, seis meses después, se despiertan y comienzan a causar estragos en la ciudad donde Wily está encarcelado, dejando un rastro de destrucción. ¿Podrá Mega Man detenerlos antes de que sea demasiado tarde?