Într-un viitor nu foarte îndepărtat, Mega Man și prietenii săi au reușit în cele din urmă să captureze notoriul Dr. Wily, aducând pace în lume. Cu Wily în spatele gratiilor, toată lumea spera că haosul s-a terminat pentru totdeauna. Dar Dr. Wily avea un plan de rezervă! Anticipând capturarea sa, el a construit în secret patru Robot Masters într-un laborator ascuns. Dacă nu au auzit de la el în termen de șase luni, acești roboți au fost programați să se activeze și să-l caute. Fidel planului, șase luni mai târziu, aceștia se trezesc și încep să provoace haos în orașul în care Wily este închis, lăsând în urmă un șir de distrugeri. Poate Mega Man să-i oprească înainte să fie prea târziu?