В един бъдещ не твърде далечен, Мега Мен и неговите приятели най-накрая успяха да хванат зловещия Д-р Уайли, донесейки мир на света. С Уайли зад решетките, всички се надяваха, че хаосът е приключил завинаги. Но Д-р Уайли имаше резервен план! Предвидейки своето хващане, той тайно изгради четири Роботни Майстори в скрита лаборатория. Ако не чуят от него в рамките на шест месеца, тези роботи бяха програмирани да се активират и да го потърсят. Верен на плана си, шест месеца по-късно, те се събуждат и започват да създават хаос в града, където Уайли е затворен, оставяйки след себе си път на разруха. Може ли Мега Мен да ги спре преди да е твърде късно?