Trong một tương lai không xa, Mega Man và những người bạn cuối cùng đã bắt giữ được tên phản diện khét tiếng Dr. Wily, mang lại hòa bình cho thế giới. Khi Wily bị tống giam, mọi người đều hy vọng rằng những hỗn loạn đã chấm dứt vĩnh viễn. Nhưng Dr. Wily đã có một kế hoạch dự phòng! Dự đoán trước việc bị bắt, hắn lén lút chế tạo bốn Robot Master trong một phòng thí nghiệm bí mật. Nếu sau sáu tháng không nhận được tín hiệu từ hắn, những robot này sẽ tự động kích hoạt và tìm kiếm chủ nhân. Đúng như kế hoạch, nửa năm sau, chúng thức tỉnh và bắt đầu gây ra hỗn loạn khắp thành phố nơi Wily bị giam giữ, để lại sau lằn những đống đổ nát. Liệu Mega Man có thể ngăn chặn chúng kịp thời hay không?