في مستقبل ليس ببعيد، تمكن ميغا مان وأصدقاؤه أخيرًا من القبض على الشهير الدكتور وايلي، مما جلب السلام إلى العالم. مع وايلي وراء القضبان، أمل الجميع أن يكون الفوضى قد انتهت نهائيًا. ولكن الدكتور وايلي كان لديه خطة احتياطية! توقعًا لاعتقاله، بنى سرًا أربعة روبوت ماسترز في مختبر مخفي. إذا لم يسمعوا منه خلال ستة أشهر، كانت هذه الروبوتات مبرمجة للتنشيط والبحث عنه. وبموجب الخطة، بعد ستة أشهر، استيقظوا وبدأوا في إثارة الفوضى في المدينة التي يُحتجز فيها وايلي، مخلفين أثرًا من الدمار. هل يمكن لميغا مان إيقافهم قبل فوات الأوان؟