Çok uzak olmayan bir gelecekte, Mega Man ve arkadaşları nihayet kötü şöhretli Dr. Wily'yi yakalamayı başardılar ve dünyaya barış getirdi. Wily parmaklıklar ardında, herkes kaosun iyi olduğunu umuyordu. Ama Dr. Wily'nin bir yedek planı vardı! Yakalamasını öngörerek gizli bir laboratuvarda gizlice dört robot ustası inşa etti. Altı ay içinde ondan haber almadılarsa, bu robotlar onu etkinleştirmek ve aramak için programlanmıştır. Altı ay sonra, uyanırlar ve Wily'nin hapsedildiği şehirde tahribat yaratmaya başlarlar ve bir yıkım izi bırakırlar. Mega adam çok geç olmadan onları durdurabilir mi?