In einer nicht allzu fernen Zukunft gelang es Mega Man und seinen Freunden endlich, den berüchtigten Dr. Wily zu fassen und damit Frieden in die Welt zu bringen. Mit Wily hinter Gittern hoffte jeder, dass das Chaos endgültig vorbei war. Doch Dr. Wily hatte einen Notfallplan! In Erwartung seiner Gefangennahme baute er heimlich vier Robotermaster in einem versteckten Labor. Wenn sie sechs Monate lang nichts von ihm hörten, waren diese Roboter programmiert, um zu aktivieren und nach ihm zu suchen. Getreu dem Plan erwachen sie sechs Monate später und beginnen, Chaos in der Stadt zu verbreiten, in der Wily gefangen gehalten wird, und hinterlassen eine Spur der Zerstörung. Kann Mega Man sie stoppen, bevor es zu spät ist?