Di masa depan yang tidak terlalu jauh, Mega Man dan teman -temannya akhirnya berhasil menangkap Dr. Wily yang terkenal kejam, membawa kedamaian bagi dunia. Dengan barut di balik jeruji besi, semua orang berharap kekacauan itu berakhir untuk selamanya. Tapi Dr. Wily punya rencana cadangan! Mengantisipasi penangkapannya, dia diam -diam membangun empat robot master di laboratorium tersembunyi. Jika mereka tidak mendengar kabar darinya dalam waktu enam bulan, robot -robot ini diprogram untuk mengaktifkan dan mencarinya. Sesuai dengan rencana, enam bulan kemudian, mereka bangun dan mulai menyebabkan kekacauan di kota di mana cerdik dipenjara, meninggalkan jejak kehancuran. Bisakah Mega Man menghentikan mereka sebelum terlambat?