В недалеком будущем Мега-мен и его друзья наконец-то смогли поймать зловещего доктора Уайли, принеся мир в мир. С Уайли за решеткой все надеялись, что хаос навсегда позади. Но у доктора Уайли был запасной план! Предвидя свое пойманье, он тайно построил четырех роботов-мастеров в скрытой лаборатории. Если они не услышат от него в течение шести месяцев, эти роботы были запрограммированы на активацию и поиск его. Верно по плану, через шесть месяцев они просыпаются и начинают сеять хаос в городе, где Уайли находится в тюрьме, оставляя за собой след разрушения. Сможет ли Мега-мен остановить их, пока не стало слишком поздно?