Num futuro não muito distante, Mega Man e seus amigos finalmente conseguiram capturar o infame Dr. Wily, trazendo paz ao mundo. Com Wily atrás das grades, todos esperavam que o caos tivesse acabado de vez. Mas o Dr. Wily tinha um plano reserva! Antecipando sua captura, ele secretamente construiu quatro Robot Masters em um laboratório escondido. Se não ouvissem notícias dele em seis meses, esses robôs seriam ativados automaticamente para procurá-lo. Como planejado, seis meses depois, eles acordam e começam a causar destruição na cidade onde Wily está preso, deixando um rastro de caos. Será que Mega Man conseguirá detê-los antes que seja tarde demais?