그리 멀지 않은 미래에, 메가맨과 그의 친구들은 마침내 악명 높은 드. 와일리를 잡아 세상에 평화를 가져왔다. 와일리가 감옥에 갇히자, 모든 이들은 혼란이 영원히 끝났기를 희망했다. 그러나 드. 와일리는 대비 계획을 가지고 있었다! 자신의 체포를 예상하여, 그는 비밀리에 숨겨진 연구소에서 네 명의 로봇 마스터를 만들었다. 만약 그가 여섯 달 동안 소식이 없다면, 이 로봇들은 활성화되어 그를 찾아 나설 것으로 프로그래밍되어 있었다. 계획대로, 여섯 달 후에 그들은 깨어나 도시에서 혼란을 일으키기 시작했고, 와일리가 갇혀 있는 곳을 파괴하며 흔적을 남겼다. 메가맨은 그들을 너무 늦기 전에 막을 수 있을까?