それほど遠くない将来、メガマンと彼の友人たちはついに悪名高い博士のワイリーを捕らえ、世界に平和をもたらしました。バーの後ろにwillyながら、誰もが混乱が永遠に終わったことを望んでいました。しかし、Wily博士にはバックアップ計画がありました！彼の捕獲を予想して、彼は密かに隠されたラボに4人のロボットマスターを建設しました。 6か月以内に彼から聞いていない場合、これらのロボットは彼をアクティブにして検索するようにプログラムされました。計画に忠実に、6か月後、彼らは目覚め、Wilyが投獄されている都市で大混乱を引き起こし始め、破壊の跡を残しました。手遅れになる前にメガマンはそれらを止めることができますか？