Dans l'année futuriste 200X, le Dr. Wily semble avoir tourné une nouvelle page et travaille avec le Dr. Light pour créer un robot de maintien de la paix nommé Gamma. Mais les choses prennent une tournure lorsque les huit Robot Masters qu'ils ont conçus pour protéger la paix deviennent incontrôlables et volent huit cristaux de puissance. C'est à Mega Man, accompagné de son fidèle chien Rush, de les pourchasser à travers différents planètes minières dans l'espace et de récupérer les cristaux. Ajoutant à l'aventure, Proto Man, la première création du Dr. Light, réapparaît après un an de cachette. Connu sous le nom de "Blues" au Japon, Proto Man défie Mega Man dans divers duels pour l'aider à améliorer ses compétences. Si Mega Man gagne, Proto Man ouvre la voie. Avant l'affrontement final avec le Dr. Wily, Proto Man prend l'identité de "Break Man". Préparez-vous pour un voyage excitant rempli d'action et de défis alors que vous aidez Mega Man à sauver la journée!